Gli effetti indesiderati più frequenti dovuti al vaccino contro l’influenza stagionale, nel 10-40 per cento delle persone vaccinate, sono l'arrossamento o il dolore nel punto d’iniezione. Altri sintomi come febbre alta, dolori muscolari o leggero malessere sono osservati nel 5-10 per cento delle persone vaccinate. Tali effetti sono innocui e scompaiono senza essere trattati entro pochi giorni dalla vaccinazione.

In rari casi, a seguito di una reazione allergica si possono osservare eruzioni cutanee, edemi o crisi d’asma oppure, più raramente ancora, una reazione allergica immediata (shock anafilattico). La sindrome di Guillain-Barré (GBS), espressione di una risposta autoimmune, è osservata in un caso su un milione di persone vaccinate in relazione temporale alla somministrazione. La GBS ricorre invece molto più frequentemente nelle persone affette da influenza.